نرم افزارهای نمایش ساختارهای سه بعدی ماکروملکولهای زیستی از جمله مهمترین ابزارهای مورد استفاده برای مطالعات ساختاری همانند کریستالوگرافی، طراحی دارو، طراحی پروتئین، و برهمکنشهای زیستی میباشند. تعداد متنوعی از این نرم افزاهای با کاربردهای نمایش گوناگون گرافیکی و آنالیز ساختار ماکروملکولها توسط گروههای علمی از مراکز علمی معتبر دنیا توسعه داده شده اند. نرمافزارهایی همانند PyMOL ،VMD ،Molecular Operating Environment (MOE) ،YASARA و UCSF Chimera از جمله شناخته شده ترین و بهترین نوع این نرم افزارها هستند. تفاوت این نرم افزارها در نمایش گرافیکی و آنالیزهای مختص هر کدام از آنها است.
نرم‌افزار پایمول (PyMOL) شبیه‌ساز مولکولی
نرم‌افزار پایمول (PyMOL) برای محاسبات سریع و قدرتمند، آنالیز، نمایش تصاویر با کیفیت بالا برای تجسم و تصویر سازی ملکولهای زیستی و شیمیایی استفاده میشود. این نرم افزار در زمینه بیوانفورماتیک و محاسبات ساختاری شیمیایی و زیستی کاربرد دارد. این نرم افزار در سال ۲۰۰۶ توسط شرکت شرودینگر توسعه داده شد و بر اساس زبان برنامه‌نویسی پایتون و به صورت Open Source در دسترس است. در نتیجه امکان دستکاری برای بررسی مولکول‌های زیستی را در فضای کامپیوتری فراهم کرده است. این نرم‌افزار قابلیت تهیه تصاویر باکیفیت و ویدئوهای جذاب از مولکول‌ها را دارد . پایمول با انواع مختلفی از فرمت های ساختار سه بعدی ماکروملکول های زیستی و ملکولهای دیگر کار میکند و قابلیت کار کردن با سیستمهای عامل ویندوز، لینوکس و مک را دارا است.
چرا یادگیری و شرکت در دوره آموزش نرم افزار PyMOL مهم است؟
به طور کلی، PyMOL که یک برنامه رندر سه بعدی برای ماکرومولکول‌ها است و برای افرادی که در این زمینه تحقیقاتی پژوهش می‌کنند، بسیار سودمند است. این برنامه نه تنها برای ایجاد تصاویر دقیق رندر شده بلکه برای نمایش اطلاعات به صورت فیلم ها نیز طراحی شده است. مزیت دیگر آن آسان بودن مشاهده داده ها، به اشتراک گذاری آن ها و سپس تجزیه و تحلیل اطلاعات مولکولی است. با استفاده از PyMOL می‌توان داده‌هایی با وضوح بالا تولید کنید و با توانایی بزرگ‌نمایی روی دادهها انجام داد. با برنامه نویسی مبتنی بر پایتون، سبک، سریع و بسیار سازگار است و امکان تغییر توسط کاربر را دارد. این با یک فناوری یکپارچه برای گرافیک با استفاده از ردیابی پرتو ارائه می شود که به مدل های مولکولی شما خطوط مرزی صاف تر، بازتاب های بهتر و سایه ها را ارائه می دهد.
چه مزیتی دوره آموزش PyMOL نسبت به نرم افزارهای دیگر نمایش گرافیکی دارد؟
نرم افزار PyMOL موضوعاتی که پوشش می‌دهند از ریاضیات و زبان‌ها تا طیف کامل علوم را شامل می شود. PyMOL the Molecular Graphics Systems یک نرم افزار بدون هزینه است که در لیست نرم افزارهای دیگر که بخشی از برنامه های گرافیکی هستند، فهرست شده است. این برنامه با استفاده از پایتون توسعه یافته است. زبان برنامه نویسی پایتون و توسعه یافته به عنوان یک برنامه چند پلتفرمی. PyMOL یک نرم افزار تجسم مولکولی منبع باز است که توسط Warren Lyford DeLano توسعه یافته است. به طور گسترده ای در دسترس جوامع دانشگاهی و علمی است. این نرم افزار توسط Schrodinger, Inc. توزیع می شود. با وجود بسیاری از قابلیت های پیشرفته اش، می‌توان به راحتی با این نرم‌افزار کار کرد و حتی کسانی که تازه وارد علم مولکولی شده‌اند، می‌توانند پس از چندین ساعت مطالعه، اصول اولیه عملکرد آن را درک کنند.
شرکت در دوره آموزش نرم افزار PyMOL مناسب کدام گروه از محققین است؟
امروزه با فراگیر شدن علوم کامپیوتر در تمام زمینه‌ها و به خصوص بیولوژی که تحت عنوان بیوانفورماتیک نیز شناخته میشود، فراگیری چنین نرم‌افزاری به کاربران زیست‌شناس این امکان را می‌دهد تا برای طراحی هر آزمایشی و یا بررسی هر موضوعی که به مولکول‌ها مربوط میشود به جای آنالیزهای پیچیده به صورت دستی، از این نرم‌افزار بهره‌مند شوند. از طرفی ارائه تصاویر باکیفیت که از این نرم‌افزار تهیه شده‌اند در مقالات علمی از دیگر موارد اهمیت فراگیری این نرم‌افزار است. این آموزش با معرفی این نرم‌افزار و قابلیت‌‌های آن با رویکرد تعریف پروژه‌‌های آموزشی، به مخاطبان این امکان را می‌دهد که علاوه بر آشنایی با این نرم‌افزار، از امکانات آن به صورت عملی برخوردار شده و در ادامه با روشی که آموزش دیده‌اند، توانایی بررسی و اعمال تغییرات روی هر مولکول دلخواه خود را داشته باشند و بتوانند از آن به صورت ویدئو و عکس، خروجی‌‌های جذاب بگیرند تا در موارد لزوم به جذابیت سخنرانی‌‌های علمی خود بیافزایند.
مدرس این دوره آموزشی نرم افزار PyMOL چه کسی است؟
مدرس دوره آموزشی نرم افزار PYMOL خانم دکتر حوا مهرعلی تبار فارغ التحصیل دانشگاه تربیت مدرس تهران و استاد مدعو دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری می باشد.
سرفصل‌های وبینار دوره آموزش مقدماتی R شامل چه مواردی است؟
بخش اول: معرفی، آشنایی و نحوه دسترسی به نرم افزار PyMOL
بخش دوم: شروع کار با نرم‌افزار PyMOL
بخش سوم: اجرای عملیات پیشرفته روی مولکول
بخش چهارم: تنظیمات بیشتر با آنالیز دادهها
بخش پنجم: تنظیمات بیشتر نحوه استفاده از ابزار اندازه‌گیری و
بخش ششم: رندر کزدن ساختارها و خروجی گرفتن از نرم‌افزار با کیفیت بالا
بخش هفتم: نحوه اجرای تطابق دو مولکول در پایمول
بخش هشتم: ساخت انیمیشن و خروجی گرفتن
نقد و بررسی‌ها
هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.